Подобные абсцессы развиваются после попадания простейших микроорганизмов непосредственно в ткани печени. Путь заражения энтеральный. Изначально амебы начинают своё внедрение в области подслизистого слоя в тонкой кишке. Впоследствии именно оттуда и происходит дальнейшие миграции вируса по средствам венозной системы. Именно по венозным сосудам инфекция перемещается в область печени, где начинает развиваться некроз некоторого локального участка ткани. Со временем он расплавляется и формирует солитарный или множественные абсцессы.
После попадания амебы в ткани печени начинается некроз некоторой её зоны. В процессе распада образуется полость, в которой наблюдается наличие паразита. По истечении некоторого времени абсцесс может самостоятельно стерилизоваться, в результате чего образуется жидкость, которая имеет консистенцию мастики, тогда как цвет напоминает шоколад. Содержимое абсцесса может быть и жёлто-зелёным с характерным каловым запахом. Это наблюдается в случае возникновения амебных абсцессов в результате инфицирования кишечной палочкой.
Микробная флора у некоторых пациентов может высеиваться из паразитарного абсцесса. Однако обнаружить амеб в содержимом абсцесса удаётся далеко не у всех больных. Как правило, найти их можно на стенке гнойного образования.
При амебиазе кишечника вероятность того, что он перейдёт в абсцесс печени колеблется в пределах от одного до двадцати пяти процентов. Наиболее подвержены заболеванию лица от двадцати до сорока лет и при этом мужчина в пять-семь раз чаще подвергаются инфекции, чем женщины.